ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เกิดที่ปราสาทฆาบิเอร์ อาณาจักรนาวาร์ (ปัจจุบันอยู่ในภาคเหนือของประเทศสเปน) เกิดในวันที่ 7 เมษายน ค.ศ.1506 ในครอบครัวชั้นสูงของนาวาร์ บิดาของเขาคือ ฆวน เด ฆาโซ ประธานสภาที่ปรึกษาของพระเจ้าฆวนที่ 2 แห่งอัลเบรต มารดาของเขาคือ มาริอา เด อัซปิลิกัวตา ซึ่งมาจากเชื้อสายเดียวกับมาร์ติน เด อัซปิลิกูเอตา ผู้ได้รับสมญานาม doctor navarrus เขาป็นลูกชายคนสุดท้อง มีพี่น้องคือ : มักดาเลนา, อานา, มิเกล, ฆวน และตัวเขาเอง

ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ มีชีวิตวัยเยาว์ที่ได้รับผลกระทบการสูญเสียเอกราชของนาวาร์ ซึ่งครอบครัวของเขาได้รับผลกระทบอย่างมาก พี่น้องของเขาที่เป็นทหารของพระเจ้าฆวนที่ 3 แห่งนาวาร์ถูกคุมขัง ด้วยเหตุนี้กระมังที่ทำให้ฟรานซิสโก ฆาบิเอร์ สนใจที่จะเรียนด้านศาสนาและทำการเผยแพร่ภายได้ความคุ้มกันของโปรตุเกส

การศึกษาในปารีส

ใน ค.ศ. 1542 ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ ได้ตัดสินใจเดินทางไปศึกษา ที่มหาวิทยาลัยปารีส ซึ่งก่อนหน้านี้เขาได้รับการศึกษาในหลายสถาบัน ในหลายเมืองของนาวาร์ และก่อนที่จะเข้ารับการศึกษาในปารีสเขาได้เรียนในปัมโปลนา

ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1525 ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เดือนทางไปศึกษาที่ปารีส ซึ่งที่นั่นเองเขาได้รู้จักกับอิกเนเชียสแห่งโลโยลา ผู้เป็นเพื่อนสนิท และต่อมาได้รับการประกาศเป็นนักบุญ อิกเนเชียสไม่เคยทิ้งฟรังซิสโก ฆาบิเอร์ ในยามลำบาก เช่นเมื่อฟรังซิสโก ฆาบิเอร์ มีปัญหาด้านการเงิน

ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เดือนทางไปศึกษาพร้อมกับสหายอีกห้าคน ซึ่งในเวลาต่อมาคือจุดกำเนิดของคณะเยสุอิต หลังจากที่สำเร็จการศึกษา วันที่ 15 กันยายน ค.ศ.1534 เหล่าสหายได้ปฏิญาณตนเพื่อถือความรักและความบริสุทธิ์ และในขณะเดียวกันได้ให้คำสัญญาเพื่อจะเดินทางไปแผ่นดินศักดิ์สิทธิ์ ส่วนฟรังซิสโก ฆาบิเอร์ อยู่ที่ปารีสต่ออีกสองปีเพื่อเรียนเทววิทยา หลังจากนั้นได้รวมการบริหารจิตกับอิกเนเชียสแห่งโลโยลา

ค.ศ. 1537 ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ กับอิกเนเชียสแห่งโลโยลาเดินทางไปกรุงโรมเพื่อขอพรจากสมเด็จพระสันตะปาปาเปาโลที่ 3 ก่อนการเดือนทางไปแผ่นดินศักดิ์สิทธิ์ แต่การเดินทางก็ไม่สามารถเกิดขึ้นเนื่องจากเกิดสงครามระหว่างเวนิสกับตุรกี เมื่อสหายทั้งสองได้รับศีลอนุกรมเมื่อมาถึงเวนิส ในวันที่ 24 มิถุนายนของปีเดียวกัน ในขณะที่รอเรือเพื่อจะไปแผ่นดินศักดิ์สิทธิ์ พวกได้เริ่มพระกาศความเชื่อให้กับคนรอบข้าง และพวกเขาได้เสนอตัวต่อสมเด็จพระสันตะปาปาเพื่อจะไปประกาศความรักของพระเจ้าในสถานที่ใดก็ตาม ด้วยเหตุนั้นนี่เองพวกเขาเดินทางไปลิสบอนในปี ค.ศ.1540 เพี่อเริ่มชีวิตมิชชันนารี เหตุที่ต้องเดินทางไปลิสบอนก็เพราะเอกอัครราชทูตโปรตุเกส ณ กรุงโรม ได้ขอสมาชิกจำนวนหนึ่งจากอิกเนเชียสแห่งโลโยลา ในนามของพระเจ้าฌูเอาที่ 3 แห่งโปรตุเกส เพื่อส่งไปยังอินเดีย ส่วนฟรังซิสโก ฆาบิเอร์ ถูกส่งไปโดยพระสันตะปาปาโดยได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้แทนพระองค์ในแผ่นดินของทะเลแดง อ่าวเปอร์เซีย และทะเลทั้งสองฝั่งของแม่น้ำคงคา